阿拉尔原是一片人迹罕至的万古荒原，1957年新疆生产建设兵团农一师奉命进驻阿拉尔屯垦戍边。这是一支有着光荣历史的部队。
　　
　　土地革命战争时期，追随毛泽东开辟井冈山革命根据地；抗日战争时期整编为359旅，开垦南泥湾；解放战争时期中原突围，保卫延安，进军新疆，屯垦戍边。农一师屯垦阿拉尔以后，经广大军垦战士披荆斩棘，艰苦创业，开垦良田120万余亩，兴建了10个农牧团场，被誉为“塞外江南”，创造了人进沙退、人造绿洲的旷世奇迹。“生在井冈山、长在南泥湾、转战数万里、屯垦在天山”是农一师的光辉历程，它使阿拉尔有着丰厚的军旅和屯垦历史积淀。
　　
　　二十世纪60年代初，老一辈无产阶级革命家王震、王恩茂就提出了“北有石河子，南有阿拉尔,两颗明珠交相辉映”的兵团城市建设的战略构想，后因多种历史原因未能如愿。1997年，根据《中共中央、国务院关于进一步加强新疆生产建设兵团工作的通知》（中发〔1997〕17号）文件精神和自治区、兵团党委关于建市工作“定位要准、规划要好、建设要快、管理要严、思想要新”的指示，师市党委周密规划、精心部署筹建工作。2002年9月17日，国务院正式同意设立阿拉尔市。
　　
　　2002年12月5日，阿拉尔市一届一次人民代表大会和政治协商会议胜利召开，依法选举产生了阿拉尔市第一届人大、政府、政协领导班子。2011年元月19日阿拉尔市人民政府正式挂牌成立，人民政府开始全面履行职能。2002年9月17日，国务院批准（国函[2002]81号）：设立县级阿拉尔市，市人民政府驻阿拉尔。
　　
　　2002年12月5日，召开阿拉尔市第一届一次人民代表大会，选举产生了阿拉尔市第一届人大、政府。2003年1月19日，阿拉尔市人民政府正式挂牌成立。